繰上げ返済をする際に手数料についても注意しなければならない。住宅公庫の場合、繰上げ返済する一ヶ月前までに窓口の金融機関に申し出て、一〇〇万円単位で、期間短縮型の場合は三一五〇円。返済額圧縮型の場合は五二五〇円の手数料がかかる。また、住宅公庫と併せ貸し出しする年金融資も、これと同じ。ただ、年金融資の協会転貸の場合、ややこしくなる。自分がどこから融資を受けているのか、きちんと把握しておくことが重要だ。協会転貸というのは、自分の勤めている会社がいったん負担する事業主転貸の制度がない場合、各地の年金福祉協会などが転貸するという形を取るもので、厚生年金加入者は無抽選で借りられる。
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繰上げ返済する場合、一〇〇万円単位を二月か八月に申し出る。そして手数料は二万一〇〇〇円と割高になる。銀行の住宅ローンの場合、申し込みは一二週間前と、公的機関に比べて機動的に返済できる。変動金利型のローンであれば、手数料は公庫融資と同じ。三一五〇円〜五二五〇円ですむ。ただし、固定金利選択型のローンでは、二万一〇〇〇円〜五万二五〇〇円かかる。一〇〇万円の返済で二万〜五万円の手数料がかかるのである。繰上げ返済による利息圧縮効果は大きいものの、より直接的には一〇〇万円につき五〜一〇万分の月々の返済分が余分にかかることになり（現在の利率では）、これを嫌がる人もいるかもしれない。